Il est de la responsabilité des structures qui recrutent les doctorants de rechercher ou de prévoir la rémunération des doctorants. 

Les principaux types de financement

Le contrat doctoral

Le contrat doctoral est un contrat à durée déterminée de 3 ans qui permet au doctorant de se consacrer pleinement et exclusivement à ses travaux de recherche pour la préparation de sa thèse. 

Les allocations régionales 

Les régions Bretagne et Pays de la Loire attribuent des allocations de recherche doctorales destinées à couvrir les coûts salariaux du doctorant.

CIFRE

La CIFRE est un dispositif permettant à un doctorant, rattaché à un laboratoire ou une unité de recherche, de réaliser sa thèse en étant rémunéré par une entreprise privée de droit français, par une institution publique, une association, bref, par un financeur extérieur à l’université
Les conventions CIFRE associent, autour d'un projet de recherche qui conduira à une soutenance de thèse de doctorat, trois différents partenaires : une structure (entreprise, collectivité territoriale ou association), un jeune diplômé, un laboratoire ou unité de recherche. 
Ces conventions s'adressent aux institutions privées ou publiques (hors universités) qui s'engagent à confier à un doctorant un travail de recherche en liaison directe avec une unité de recherche extérieure. L’institution qui finance signe un contrat de travail à durée indéterminée ou déterminée de 3 ans et verse à son "jeune CIFRE" un salaire supérieur ou égal à 23 484 euros brut annuel. 

Autres sources de financement

Les associations et fondations peuvent également financer des thèses.